يتولى قسم الرقابة المالية تنفيذ الاختصاصات التالية :

1. التأكد من سلامة تطبيق الإجراءات المالية وخطوات تدفق سير العمل ومدى مطابقتها للقرارات واللوائح التنظيمية  لها وكذلك التعاميم والقرارات التي تصدرها الجهات المركزية بالدولة.

2. إعداد التقارير الدورية والسنوية بشأن الإجراءات المالية الخاصة بالأداء العام بالهيئة ، وكذلك الإدارات ومراكز العمل و العاملين على نحو مفصل ورفعها لمدير الإدارة ثم إحالتها إلى المدير العام لاتخاذ ما يراه مناسباً.

3. دراسة الموضوعات المحالة من السيد المدير العام بشأن التزام العاملين بالقيام بمهامهم و المسئوليات المناطة بهم على نحو مهني يضمن تحقيق أهداف العمل فيما يخص الأمور المالية.

4. اقتراح وتنفيذ خطة الرقابة الدورية و السنوية اللاحقة للأعمال التي تم تنفيذها و توضيح أهدافها ووسائلها للإدارة و مراكز العمل المعنية فيما يخص الأمور المالية.

5. متابعة تنفيذ الخطة التشغيلية و الخطة الخمسية للهيئة مع الإدارات و مراكز العمل المعنية فيما يخص الأمور المالية.