يتولى قسم نظم التشغيل تنفيذ الاختصاصات التالية :

 - الإشراف على استخدام وصيانة برامج نظم التشغيل والاتصالات والبرامج الجاهزة وتحديد وتطبيق الأساليب الفنية المقررة ويشمل ذلك :

1- وضع وتقييم الأساليب والإجراءات الفنية .

2- إنشاء وتصميم وصيانة برامج نظم التشغيل .

3- إنشاء وصيانة البرامج الجاهزة .

4- إنشاء وتصميم وصيانة برامج نظم الاتصالات .

5- تصميم وتجربة شبكة نقل المعلومات التي تربط الجهات المستفيدة بحاسبات المركز.

6- توفير الصلاحية الملائمة لتعامل الأفراد مع الآلات والبرامج .

7- وضع نظام لتوفير الخدمة الآلية في حالات الكوارث .

8- وضع نظام أمنى لحماية استخدام البرامج والبيانات .

9- توثيق برامج نظم التشغيل والاتصالات والبرامج الجاهزة وتقديم المشورة الفنية لاستخدامها .