يتولى قسم القضايا تنفيذ الاختصاصات التالية :

1- تكييف الدعاوى وتحديد الطلبات وإحالتها إلى إدارة الفتوى والتشريع للمباشرة برفعها أمام المحاكم  .

2- تمثيل الهيئة في القضايا المحالة من المحاكم إلى إدارة الجزاء والتعقيب على تقرير لجنة الخبراء .

3- الحضور أمام النيابة العامة ممثلا للهيئة في الموضوعات المحالة إلى النيابة العامة .

4- متابعة سير القضايا والأحكام ومراعاة مواعيد الطعن فيها .