يتولى قسم البنوك تنفيذ الاختصاصات التالية :

1- مسك السجلات المحاسبية المساعدة لمراقبة الحسابات الخاصة بالهيئة لدي البنوك المختلفة وعمل التسويات اللازمة لمطابقتها دفتريا مع الكشف المرسل من البنك .

2- توجيه المبالغ سواء المنصرفة أو المودعة إلى البنوك المختلفة حسب السياسة الاستثمارية للهيئة .

3- تسجيل السندات الخاصة في البنوك بالدفاتر المساعدة .

4- عمل التسويات اللازمة لمطابقة ومراقبة حسابات الهيئة لدى البنوك .